日本経済国際共同研究センターは東京大学大学院経済学研究科と密接な協力関係を保ち続けており、経済学研究科において定期的に行われている各種のワークショップに対して支援している。各種のワークショップは、国際卓越大学院教育プログラム「先端経済国際卓越大学院」の一環として実施されている。
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